ความสำคัญของร่างกฎหมายฉบับนี้ได้มีการพิจารณาปรับปรุงในชั้นกรรมาธิการหลายประเด็น เพื่อพยายามผลักดันให้เกิดบรรยากาศของการยุติความขัดแย้งในสังคมการเมืองไทยมากว่า 2 ทศวรรษ โดยประเด็นสำคัญที่มีการแก้ไขปรับปรุงจากร่างที่รับหลักการในวาระที่ 1 มีดังนี้

-ขยายช่วงเวลาของการนิรโทษกรรม ตั้งแต่ 1 ม.ค. 2548 – 16 ก.ค. 2568 (จากเดิมครอบคลุมเพียง 2548-2565)

-ในมาตรา 3 มีการปรับแก้ถ้อยคำจากเดิม “พระราชบัญญัติฉบับนี้มิให้มีผลบังคับกับ” เป็น “พระราชบัญญัติฉบับนี้มิให้มีผลนิรโทษกรรม” คดี 112, คดีทุจริต และความผิดที่ทำให้ผู้อื่นถึงแก่ความตาย

-เพิ่มสัดส่วนภาคประชาสังคม ผู้ทรงคุณวุฒิด้านกฎหมาย สิทธมนุษยชน และกระบวนกาารยุติธรรม ในคณะกรรมการสร้างเสริมสังคมสันติสุข

-ยุติคดี ยุติการบังคับโทษ ยุติการบังคับหนี้ (กรณีที่จ่ายแล้วไม่คืนให้) ล้างมลทิน ลบประวัติอาชญกรรม

-เยาวชนต่ำกว่า 18 ปี (ในวันที่ถูกดำเนินคดี) สามารถเข้ารับมาตรการพิเศษ แทนการถูกดำเนินคดี 112 ได้